シャーマンは、一般人には見えない幽霊、精霊、神々と交流する特殊な能力を持つ者たちである。500 年に一度、世界中から集まったシャーマンが競い合う権威ある大会「シャーマンファイト」が開催される。優勝者は「シャーマンキング」と称され、グレートスピリットの支配権を得て、望むままに世界を再構築することができるようになる。
ある夜、平凡な中学生の大山米太は、授業に遅れないように近くの墓地を抜けようとする。そこで、墓石に一人座っている少年に出会う。その少年は米太に「彼ら」と一緒に星を見ようと呼びかけるが、「彼ら」とは少年の霊的な仲間たちを含んでいた。恐怖した米太は逃げ出す。その後、その少年は自分を修行中のシャーマン、朝倉与と名乗り、600 年前の侍の霊・阿弥陀丸と力を合わせて、いじめっ子たちから米太を守った。与は米太が霊を見られる能力を持っていることに惹かれ、米太と阿弥陀丸と共に、次のシャーマンキングを目指す旅に出る。