幽霊が見える14歳の少年、双葉大也は、左頬に目立つほくろを常に絆創膏で隠している。ある日、額に傷を持ち、背の高い友好的な男性の霊に付きまとわれる新生徒の石上香子がクラスに転校してくる。
双葉は香子に一目で惹かれ、恋に落ちたのだと思う。彼女に関する不気味な夢を見た後、彼は泣きながら目覚め、深い親近感を感じ、彼女と友達になろうとする。しかし、一連の出来事により双葉は香子にほくろを見せ、彼女は彼を永遠の敵だと宣言する。怒りに満ちた香子は、二人が前世を通じて繋がっていると説明し、そのほくろは彼を特定し、最終的に倒すために彼女がかつて彼にかけた呪いだと告げる。
香子は「スピリットサークル」と呼ばれる炎に包まれた円形の装置を召喚し、双葉を攻撃して彼を階段から転落させ、彼の過去の人生の一つの記憶へと送り込む。『スピリットサークル』の物語は、双葉が過去の人生を旅し、香子との対立の真実を徐々に解き明かしていく様を描く。