巨大なゴジラのような姿をした「kaijuu」と呼ばれる怪物が日本を定期的に脅かす世界において、防衛隊はこれらの巨大な脅威から国を守る主要な勢力として機能している。kaijuuが撃破された後、プロのkaijuu清掃会社である「プロフェッショナル・カイジュウ・クリーナー・コーポレーション」が「スイーパー」を派遣し、片付け作業を担う。
32歳のスイーパーであるHibino Kafkaは、自分の仕事に不満を抱いている。かつては防衛隊に入隊し、kaijuuと戦うことを夢見ていたが、何度も失敗を繰り返した結果、安定した清掃の職に落ち着いていた。しかし、18歳の決意に満ちた新米隊員であるIchikawa Renoが彼のチームに加わり、Kafkaの古い野心に再び火が点く。
不運な出来事の連続と、若きスイーパーとの遭遇が重なり、Kafkaは口から侵入した寄生型のkaijuuによって体内に侵され、人型の怪物へと変貌する。新たな力を得たKafkaは、長年抱き続けてきた夢を再び追うことを決意する。