巨大な環境災害により富士山が噴火し横浜が水没した結果、人類の文明は終焉を迎えつつある。横浜の名を冠する小さなカフェを、横浜郊外で営むのはアンドロイドのAlpha Hatsusenoだ。オーナーが長期の不在を余儀なくされている間も、Alphaはほとんど客が訪れないにもかかわらず、カフェの運営を引き続き行っている。陽気な態度を崩さず、笑顔で接客を続ける。
スクーターに乗ってカメラを携え、一人で周辺を旅するAlphaは、様々な人々や他のアンドロイドたちと出会い、その過程で数々の記憶を収集していく。
『Yokohama Kaidashi Kikou』は、Alphaの日常の営みに焦点を当てた、穏やかでスローペースな物語だ。単純だが意味のある瞬間を通じて、いかに時間が流れていくかが描かれる。