東京の隠れた隅々で、喰種と呼ばれる怪物が闇に隠れて人間を襲う。これらの脅威に対抗するため、喰種を根絶することを使命とする「喰種対策局(CCG)」が設立された。しかし、喰種は人間社会に完全に溶け込んでいるため、特定することは困難である。普通の大学生である金木研は、デート相手が喰種であり、彼を捕食するつもりであることを知り、知らず知らずのうちに人間と喰種の紛争に巻き込まれる。
瀕死の状態で救出され入院した金木は、手術によって半喰種へと変容したことを知る。人間への肉を渇望する渇きを満たすため、彼はあるカフェを営む慈悲深い喰種の元で身を寄せ、変容した状態に適応する手助けを受ける。静かな生活を送れると信じていた金木だが、彼の存在が新たな仲間たちとCCGの間の紛争を招くこと、そして彼の新たな姿が東京中の他の喰種の注目を集めることになることを知らない。