Black Rebellion の失敗と Zero の謎めいた行方不明から 1 年後、Area 11 の Black Knights は、カリスマ的なリーダーを失い、生き残りを賭けて戦っている。かつての力を失った抵抗勢力は、Britannia が Elevens に課す残虐な政策に抗うことがもはやできなくなっている。一方、過去の記憶をすべて失った Lelouch Lamperouge は、Ashford Academy の生徒として静かな日々を送り、友人たちとの時間を過ごしていた。しかし、かつての盟友 C.C.は、二人が共有する目的を諦めず、Lelouch の記憶を取り戻すために動いている。戦略の天才 Zero として、未完の革命を完遂させるための帰還を願ってのことだ。