幼なじみの日比野カフカと亜白ミナは、怪獣と呼ばれる巨大な怪物によって故郷が壊滅した後、日本をこれらの脅威から守る軍事組織である防衛隊に入隊することを誓い合った。数年後、32歳になったカフカは英雄になるという夢を捨て、倒された怪獣の残骸の後片付けを仕事としていた。一方、ミナは見事に防衛隊の隊員となっていた。
カフカの人生は、かつて自分が抱いていた防衛隊士官になるという夢を共有する決意に満ちた若者、市川レノという新しい同僚との出会いによって劇的に変わる。凶暴な怪獣に遭遇したことで災難が起きる。カフカは迷いながらも、隠された英雄的な資質を明らかにしてレノを救うが、その過程で重傷を負う。
病院で療養中、カフカは襲われ、怪獣の人型への変身能力を得る。これにより、巨大な怪獣の力を手に入れる。この新たな能力により、軍から「怪獣8号」という呼称を与えられる。カフカは英雄になる二度目のチャンスを掴み、彼の勇気を敬うレノと組む。そして、ミナのような熟練の戦士たちと力を合わせ、防衛隊の最前線で日本を怪獣の脅威から守るために戦うのである。