Furukawa Yui が目覚めると、そこはかつて経験したことのない7月13日だった。この奇妙な状況にもかかわらず、彼女は天文部一同と共に、Nagisa Hanamiya の実家での夏休みを過ごすつもりだった。その敷地と周辺には大きな歴史的価値があり、Nagisa の曽祖母である著名な科学者が、近隣の軍事施設で研究を行い、高度な技術を発展させたことがあった。
部員たちが海辺で楽しんでいる最中、突如として嵐が吹き荒れ、彼らは避難を余儀なくされる。廃墟となった工場で身を隠す中、好奇心から彼らは隠された地下シェルターを発見する。そこには、謎めいた失われた未来に関連する手がかりがいくつか残されていた。