『東京喰種トーキョーグール √A』では、ケン・カネキは自らが以前は恐れ否定していたグールとしての本性を徐々に受け入れ始める。投獄と拷問という悲惨な出来事を経て、カネキは自らを最初に拉致した残忍なグール組織「アオギリの樹」に加わることを選ぶ。その決断は、彼の友人たちに彼の忠誠心を疑わせ、真の意図を困惑させる。
人間とグールの間の緊張が高まる中、政府の特殊対グール部隊である喰種対策局(CCG)は、東京の全グールを殲滅する任務を強化する。このエスカレートする危険は、カネキの友人たちやかつての仲間が営む喫茶店「あんていく」の繊細な均衡を脅かす。カネキはその重大さを理解し、自らの人間性の最後の残滓をも揺るがす一連の戦いに身を投じる。