日本の原子力発電所へのテロ攻撃により、赤い文字で「ヴォン」という単語だけが残された後、政府は機能麻痺に陥り、警察は犯人特定に苦慮する。半年後、スフィンクスと名乗る10代の少年二人が登場する不可解な動画がネットに公開される。彼らは警察に直接挑戦状を叩きつけ、東京に迫る混乱と破壊を警告する。パニックが広がり手がかりが乏しい中、柴崎健次郎刑事は危機の中心に立たされる。当局が脅威に対抗しようと苦闘する中、「残響のテロル」はナインとトゥエルブ、スフィンクスという偽名の背後にいる10代の少年たちを追う。彼らは謎めいた出自を持ちながらも、欺瞞と秘密の世界を泳ぎ、復讐を求めつつ苦しい過去と向き合い、最終的に街を不安定化させるために行動する。