セカンドインパクト後、日本で唯一残された都市は第三新東京市のみとなった。その街は、人類を殲滅せんとする「使徒」と呼ばれる巨大な存在の襲撃に晒されている。八年以上も父と会っていなかった碇シンジは、緊急にNERV本部へ報告するよう指示する電話を受ける。NERVとは、エヴァと呼ばれる巨大ロボットを用いて使徒を殲滅する組織である。シンジの任務は、エヴァ初号機を操縦し、エヴァ零号機のパイロットである綾波レイと共に戦うことだ。
注記:本作には複数のバージョンが存在し、バージョン番号で区別される。
• 1.0:2007年9月1日 – 劇場公開版
• 1.01:2008年4月25日 – DVDリリース版。映像、編集、音質に微調整と仕上げを施したもの。
• 『エヴァンゲリオン1.01』解説 – 1.01の特別版DVDに収録。人物、場所、兵器、技術などに関する「公式名称」を大きな字幕で表示する。
• 1.11:2009年5月27日 – Blu-ray/DVD再リリース版。冒頭15分に3分間の新規アニメーションを追加し、前バージョンの映像問題を修正。