2010 年 8 月 10 日、神聖ブリタニア帝国は日本征服を目的とした軍事作戦を開始した。その際、新開発の可動式人型装甲兵器「ナイトメアフレーム」の投入により、作戦はわずか 1 ヶ月で完了した。主権とアイデンティティを奪われたこの国は「エリア 11」と改名され、その住民たちは「イレブン」と呼ばれて差別され、生存をかけた戦いを強いられた。一方、ブリタニアの貴族たちは彼らの囲いの中で快適な生活を送っていた。これに対し、エリア 11 各地で独立を求めて抵抗組織が次々と結成された。
学生を装って亡命生活を送る元ブリタニア皇族ルルーシュは、この島国の混乱に巻き込まれていく。ある日、謎の少女 C.C.との偶然の出会いを通じて、彼は「王の力」と呼ばれるギアスを手に入れる。この能力は、誰にでも絶対的な服従を命じる力を授けるもので、ルルーシュはついにブリタニアを内部から崩壊させるという計画を実行に移すことになる。