親しい友人を失った後、碇シンジは精神的な麻痺に陥り、エヴァンゲリオン初号機を操縦できなくなる。その結果、NERVの碇ゲンドウは、両派がそれぞれ独自の終末的な目的を追求する中、秘密結社SEELEを欺くために必死に動き回る。SEELEは人間の魂をエヴァンゲリオンに融合させて神を創造しようとするが、ゲンドウは人類を原初の状態に戻し、亡き妻ユイと再会しようと企む。SEELEはNERV本部への軍事攻撃を開始し、多数のNERV要員が死亡する。アスカ・ラングレー・ソウリュウはエヴァンゲリオン零弐号機を操縦してSEELEの圧倒的な勢力と戦う。社会の崩壊と混沌の中で、ミサト・葛城はNERVに潜伏し続けるシンジを探し出し、世界の運命を握る存在となる。