宇宙世紀0083年、地球連邦は一年戦争でジオン公国に勝利を収めた。しかし、アギル・デラズ率いるジオンの残党勢力は生き残り、潜伏を続けていた。それから3年後、この残党勢力は新たな攻撃を計画し、エースパイロットであるアナベル・ガトーを派遣して連邦の研究基地に潜入させ、強力な核兵器を搭載した2機の試作ガンダムのうち1機を鹵奪しようとする。
この脅威に対抗し、世界の平和を維持するため、地球連邦は新鋭艦アルビオンを投入する。同艦には、もう1機の試作ガンダムを操縦する新人パイロットのクー・ウラキらテストパイロットが搭乗している。アルビオンとその乗組員は、ガトーを阻止し、鹵奪されたガンダムを奪還し、ジオン残党による新たな紛争の勃発を防ぐ任務を負う。