『Kimagure Orange Road』テレビシリーズの結末後、Kyousuke と Madoka は卒業の瀬戸際に立たされ、どの大学に進むかという重要な決断を迫られる。当然ながら二人は一緒にいたいと願い、両者を受け入れる大学を探す中で勉強との両立を図る。まだ卒業まで一年残っている Hikaru は、独自のやり方で Kyousuke を支えようとするが、その関わりが Madoka の嫉妬を呼び、ついに Kyousuke への本当の気持ちを告白することになる。この感情的な分岐点に立たされた Kyousuke は、自分が本当に愛する女性を選ぶために決断的な行動を起こし、『Kimagure Orange Road』の物語に決着をつける。