福沢諭吉は軍のキャリアを捨て、卓越した剣術を頼りに独立した護衛として働いている。彼の単独での活動はなかなか軌道に乗らないが、鋭い頭脳を持つ若者・江戸川乱歩と出会うことで状況が変わる。二人の最初の遭遇は奇妙な殺人事件を巡るもので、それが結果として武装探偵社の設立へとつながる。
現代において、乱歩は危険な能力を持つ極めて有能な個人を追っている。その能力は彼らをほぼ止められないほどだ。名探偵である乱歩が捜査を深めるにつれ、探偵社を完全に崩壊させるために仕掛けられた複雑な陰謀が明らかになる。
状況が罠である可能性を承知しながらも、探偵社は犯人を追って進み続けるが、彼らは調査していた犯罪の容疑をでっち上げられ、逃亡テロリストとして烙印を押されてしまう。自らの無実を証明し、評判を回復するために、生き残ったメンバーはかつて敵と見なしていた者たちの助けを求めなければならない。