希望の峰学園からの脱出後、苗木誠と他の生存者は絶望と戦うことを目的とした組織「未来機関」に参加する。しかし、絶望の残滓を擁護したことで苗木が裏切り罪で逮捕され、事態は暗転する。霧切響子と朝比奈アオイと共に、未来機関の指導者たちの前に引き出された苗木の運命は不透明だ。さらに状況が悪化する中、モノクマが組織の supposedly 安全な防衛を突破し、新たな殺し合いゲームの開始を宣言する。最初の犠牲者が出たことで絶望の再燃が示され、超高校級の幸運の少年である苗木は、仲間が次々と消えていく中で謎を解かなければならない。今回は学級裁判が存在しないためルールは異なり、16 人の参加者のうち殺人者はたった一人。その殺人者の死をもって、この悪夢は終わる。