15歳の誕生日、日暮かごめは家族の神社にある古の井戸に悪魔に引きずり込まれ、悪魔が跋扈する戦国時代へとタイムスリップする。やがて、かごめは自分が無自覚に所持している強力な四魂の玉を狙う様々な生物に標的にされる。これらの危険の中、かごめは犬夜叉と出会う。犬夜叉は半妖であり、当初はかごめを、その容姿が瓜二つであるため犬夜叉が嫌悪する巫女・桔梗と間違える。この誤解が犬夜叉のかごめに対する敵意を煽るが、互いの危機を認識したことで、犬夜叉はついに恨みを捨て、かごめを助ける決意をする。四魂の玉を巡る争いの末、玉は多くの欠片に砕け散り、各地に飛び散る。これらの欠片が誰かの手に渡れば大混乱を招くと恐れたかごめと犬夜叉は、欠片を回収するため困難な旅に出る。