科学者たちのチームは、希少なポケモンであるミュウのDNAを利用して、世界最強のポケモンであるミュウツーを創り出した。実験台となることを拒否したミュウツーは、創り出した者たちを消し去るために激しいサイキックの怒りを解き放つ。その後、ミュウツーはプロジェクトの資金提供者であるギンガの下で自らの能力を習得しようとするが、再び操られていることに気づく。自らの運命を切り開くことを決意したミュウツーは、人類に対して復讐を誓い、地球の生命を絶滅させる壊滅的な嵐を呼び起こす。アッシュと仲間であるポケモントレーナーたちはミュウツーとの戦いに招集されるが、すぐにその招待がミュウツーの策略のためにポケモンをクローン化するための罠に過ぎないことを突き止める。アッシュはミュウツーの致命的な計画が実行される前にそれを阻止するために走らなければならない。もともとは劇場版として75分間で上映されたが、翌年『ポケモン・ザ・ムービー 2000』の公開直前にテレビ放送された「完全版」では、アッシュとピカチュウの出会いを描く追加シーンを加え、上映時間を85分に延長した。