『進撃の巨人 The Final Season Part 2』において、エレン・イェーガーは元々の仲間と敵の両方に背を向け、壊滅的な計画を実行に移す。ジークが獣の巨人として仕える中、エレンはマレーとエルディアの間で続く紛争を終わらせるため、極端な手段を講じるが、その真の意図は依然として不明瞭である。家族の過去に迫る中で、エレンは自らの運命を支配しようと戦う。
同時に、マレーとエルディアは激しい衝突を繰り広げ、自らの兵力と巨人を投入して互いに殲滅しようとする。ライナー・ブラウンは自らの能力を用いてエレンの軍事力を対抗し、同じくエルディアの若者であるファルコ・グライスとガビ・ブラウンは、続く混乱の中で生き残りを賭けて戦う。
別の場所では、エレンの幼馴染であるミカサ・アッカーマンとアルミン・アルレルト、そして元調査兵団の仲間たちが捕虜となる。エレンの恐ろしい変貌を目撃しながらも、彼の中にまだ善性が残っていると希望を捨てず、彼を救出するための戦いに身を投じる。