『鋼の錬金術師』において、天才的な錬金術師であるエドワード・エルリックは、12歳の若さで壊滅的な損失を被る。禁じられた人体錬成によって亡き母を蘇らせようとした際、エドワードとその弟アルフォンスは恐ろしい代償を払うことになった。エドワードは腕と脚を失い、アルフォンスは肉体全体を失い、魂はエドワードの錬金術的才能によって鎧に縛り付けられたままとなった。1年後、エドワードは国家錬金術師の位を得て、「鋼の錬金術師」という称号を授けられる。アルフォンスと共に、彼らは錬金術師の力を増幅し、等価交換の法則(得るためには同等の代償が必要とする法則)を回避できると噂される伝説のアイテム、賢者の石を探す旅に出る。軍隊の支援を得て、エドワードは失われたものを取り戻そうとするが、兄弟が石の真実を解き明かすにつれ、彼ら自身の運命だけでなく、より広範な運命をも脅かす陰謀に巻き込まれていく。