『マーマレードボーイ』において、ミキ・コイシカワの世界は、両親がハワイから帰国し、そこで出会った別の夫婦とパートナーを交換して離婚する計画を打ち明けたことで揺さぶられる。渋々ながら、ミキは新しい家族と会う夕食会に出席し、そこでその夫婦の魅力的な息子であるマツウラ・ユウと出会う。新しく統合された家族との生活に順応する中で、ミキはユウに対して恋愛感情を抱き始める。独自の秘密の恋愛関係を隠し続ける親友の明子・秋月(Meiko Akizuki)の支えのもと、ミキは新学期の課題に立ち向かおうとする。しかし、ミキとユウ双方の他の潜在的な恋愛対象や、過去から残る直面をためらう隠された感情によって、二人の道はさらに複雑になる。