破壊的な「七日間の火」から千年が過ぎた。核戦争によって地球の生命のほとんどが絶滅した後の世界で、人類は廃墟の中で繁栄する敵対的なジャングルと戦いながら生き延びようとしている。そこには有毒な胞子と巨大な昆虫が蔓延し、徐々に縮小する人間の集落を執拗に侵食していた。
海岸沿いの位置にあるためジャングルの影響を受けていない平和な農業王国「風の谷」では、気性の激しい若き姫ナウシカが、トールメキアからの飛行船が領内に墜落したことで静かなる日常を脅かされることになる。残骸から脈打つ謎の遺物を発見した後、トールメキアは古代の戦争から生まれた危険な兵器を再稼働させることを目的として、風の谷に対して軍事侵攻を開始した。ナウシカは、人類を破滅させるもう一つの破滅を招くことを防ぐためにトールメキアを阻止せねばならず、同時に広がる有毒なジャングルから民を守り続けなければならなかった。