第四次インパクトの後、シンジ、アスカ、レイはエヴァンゲリオンを失い、荒廃した地球に残された人類の最後の拠点の一つに身を寄せる。そこで彼らは、かつてのパイロットとしての役割とは全く異なる生活を送る。しかし、世界の脅威は依然として存在し、エヴァンゲリオンの真の結末となる新たなインパクトが迫っている。ついに人類補完計画が動き出す中、WILLEは最終インパクトを阻止するため、最後の過酷な戦いを挑む。注:本作にはバージョン番号で区別された複数のバージョンが存在する。2021年3月8日に劇場公開された「3.0+1.0」、同年6月12日に公開された、全体のストーリーは変えずにカットシーンが更新された劇場再公開版「3.0+1.01」、そして映画公開から2周年となる2023年3月8日に発売予定のホームメディア版「3.0+1.11」である。