未来日記において、天野雪輝は毎日の出来事を携帯電話のデジタル日記に記録する静かな中学生である。学校では孤独を感じ、彼は imaginary friends である時と空間の神であるデウス・エクス・マキナと、デウスの助手であるムルムルと頻繁に会話している。ある日、雪輝は彼の携帯電話が未来の出来事を予測し始めることに気づく。最初は偶然だと片付けるが、すぐにその予測が的中していることを知る。この力を活用し始めると、クラスメイトの我妻由乃も同様のデバイスを持っていることを発見する。二人は謎の追跡者から逃れ、家に帰る。そこでデウス・エクス・マキナは、彼らを含め十人 others が、勝者がデウス・エクス・マキナの後継者となる死のゲームの参加者であることを明かす。他に選択肢がないため、雪輝と由乃は生存し、過酷な競争に勝利するために未来日記に頼らなければならない。

本作では

我妻由乃は平凡な生活を送る高校1年生。両親とも良好な関係を築き、友人たちとも仲良くしている。しかし、彼女の生活から何かが欠けているという感覚を拭いきれない。それは、彼女が別の存在として生きていたかのように思えるほど、彼女にとって不可欠な存在だった。その存在と共にありたいと必死に願っていた。修学旅行で海へ行った後、由乃は帰宅する。真夜中、彼女だけが聞こえる声から奇妙なメッセージが届き始める。その声は、彼女が会いたがっている人物について語り、彼を見つけなければならないと説く。やがて、彼女は記憶にない人物と再会することを唯一の目標として、不思議な世界へと足を踏み入れる。道には数々の障害が立ちはだかるが、由乃は愛する人にもう一度会うために何をするでもないと決意する。