伝統的なオカルト伝承に満ちた私立誠陽学園で、数十年も前から続く謎が未だに存在している。60年前、謎の死を遂げた幽霊・ユウコは、古き校舎の地下で彷徨い、記憶を失ったまま campus を徘徊している。自身の過去と死の真相を知るため、ユウコはこっそりと超自然現象研究部を設立し、そのリーダーとなる。ユウコは、彼女の霊体を見ることができる優秀な1年生・新谷泰一と出会う。二人は親しくなり、泰一は彼女を助けることを誓う。ユウコの親戚である金江キリエと、無頓着な2年生の沖野萌江と共に、彼らは学園を悩ます七不思議の調査に乗り出す。