ダン・バシンとコアライトの使い手たちが世界を救ってから2年が経過した。ダンは、平凡なカードバトルの単調さに疲れを感じていた。より強い相手との対戦を望む中、新宮舞から未来へ旅立ち、再びその技量が必要となるという提案を受ける。 2650年に到着した彼らが発見したのは、人間とマゾクと呼ばれる異星人種族との抗争によって荒廃した世界だった。マゾクの支配に抗う人類の戦いの中で、ダンとベテランのライト・ベアラーたちは運命的に再会する。未来から持ち込まれた高度なカードを武器に、彼らは再び人類の運命を守るために立ち上がる。

本作では

『バトルスピリッツ』シリーズの第9作は、2661 年を舞台とする。バシン・ダンの英雄的な犠牲によって地球のリセットが防がれてから 10 年後のことである。その犠牲の日を記念して、バロネとクラッキーは、マゾクと人類の統合およびダンの功績を祝う会議を開催する。しかし、平和の裏側では、「カルディナル・サイン」と呼ばれる組織が人類至上主義を掲げ、マゾクの従属を企てていた。同組織はテロ攻撃や暴力行為を行い、ダンと共に消滅するはずだった 12 星座の X レアを何らかの形で手に入れていた。この混乱の最中、コア・ベアラーたちは以前から感じていたような奇妙な感覚を覚える。この感覚の意味、そしてデッキに現れたカード「戦王の奇跡」の背後にある意義とは何か。彼らはそう問いかける。