Katta Kirifuda がついにデュエルマスターズ全国大会のチャンピオンとなった後、新たな激しい戦いが幕を開ける。日本最大のテーマパーク「デュエルマスターズランド」が開園し、Katta が存分に楽しむ数々のアトラクションやイベントが用意された。しかし、パークのマスコット「Duemouse」と出会った後、Katta はパーク内で起こったありえない陰謀に巻き込まれてしまう。謎のデュエリストチームがデュエルマスターズワールドに影を落としている！伝説のカードの正体が明かされようとしている。Katta に待ち受けるのは、新たな舞台とデュエルマスターズの革命だ！

本作では

今シーズンは『VERSUS レボリューション』の直後に始まり、侵略者と革命派の衝突を超えた物語が続く。これはアニメにおける『VERSUS』ストーリーの最終シーズンであり、結末となる。カッタ・キリフダの額に刻まれた『V』マークには、封印された力が秘められていた。封印を解いても目立った変化はなかったが、ハムカツが話し始める。さらに、ハムカツに似たハムスターが次々と現れ始める。彼らのグループは、学校の転校生で構成された秘密組織『レア・キラーズ』を発見する。ハムカツに似たハムスターの謎と『レア・キラーズ』の正体は未だに解明されていない。究極の対決がいま、幕を開けようとしている。