UC 0079、一年戦争の最中、地球連邦軍とジオン公国軍は、激しい電気嵐で知られる危険なサンダーボルト海域で激突する。連邦軍のパイロット、Io Flemingは、ジオンの精鋭狙撃部隊に対して攻撃を仕掛ける。その部隊は、エースパイロットであるDaryl Lorenzが指揮を執っている。両軍とも、破壊された宇宙コロニーの残骸の中で、互いに激しく戦う熟練した戦士たちで構成されている。Ioが試作ガンダムを入手すると、Darylは苦渋の選択を迫られる。敵を倒し、ジオンの勝利を確実なものにするために必要な力を得るために重大な代償を支払うか、それとも味方が単一の敵によって次々と倒されるのをただ傍観し続けるか。

本作では

「機動戦士ガンダムサンダーボルト」の第2シーズンは、1年戦争終結から7ヶ月後を描く。ジオン公国の残存勢力はジオン共和国として再編され、戦いを続けている。ダリルは戦争最終戦である「サンダーボルト海域」で、ムーア兄弟艦隊が壊滅した際、モビルスーツのサイコ・ザクを操縦した。サイコ・ザクの破壊後、ダリルは地球へ降り立ち、地球連邦軍内の軍事組織である南太平洋連合に関する情報を収集する情報任務に就く。かつてダリルと対峙したイオは、試作モビルスーツのアトラスガンダムのパイロットに選ばれ、地球へ向かう。