あらすじ
科学忍者隊ガッチャマンIIの物語の続き
Galactorの敗北とCondor Joeの死亡が報じられてから2年後、Leader Xはクルーズ船に対し致命的な攻撃を仕掛け、乗船していたほぼ全員を虐殺した。一人の生存者である少女はXによって拉致され、Gel Sadraという成人した外見を持つ悪女へと無理やり改造されたが、その声は奇妙に男性的であった。成熟した外見とは裏腹に、Gel Sadraは頻繁に子供っぽい癇癪や未熟な行動を見せる。Galactorが再結成されると、Science Ninja TeamはJoeの代替として疑わしい人物Hawk Getzと共に任務に復帰する。しかしGetzはすぐにGalactorのスパイであることが露見し、本物のGetzを殺害してその姿を借りていたことが明らかになる。その後、謎の羽状の手里剣によってGetzは討たれる。最初の3エピソードのヒントをたどり、Joeは4話で復活する。前シリーズでの致命傷から生き残った彼は、かつてGalactorの科学者によって瀕死の状態で救済され、様々なサイバネティックな改造を施されていたのである。その後、クルーズ船の悲劇で夫と娘を失った女性科学者Dr. Pandoraがキャストに加わる。真実を知らぬ彼女は、娘のSammieが災難を生き延び、現在ではGel Sadraとなっていることを知らない。
本作では
Gatchaman II の終盤でリーダー X が完全に破壊されたように見えた後、彼の生き残りの断片が変異・進化し、Z となる。Egobossler 家の家長であるカウント・エゴボスラー、およびその部下であるメカンドールとケンプラーを味方につけた Z は、地球を破壊し、科学忍者隊を再び排除することを決意する。 アンダーソンの死後、Dr. ナムブが ISO のリーダーを引き継ぎ、チームは水中基地「ガラタウン（G-Town）」に移転する。新しいエンジニアであるカモが紹介され、初期段階でニュー・ゴッドフェニックスが破壊された後、チームは新たなメカであるガッチャスパルタンを受け取る。ガッチャスパルタンには、Ken が新兵器「ガッチャフェンサー」の剣を操ることでのみ発動可能な特殊モード「ハイパーシュート」も備わっている。 物語が進むにつれ、ハイパーシュートを繰り返し使用することによる放射線被曝が Ken を徐々に殺し、さらに使用すれば死に至ることが明らかになる。一方、Z は「ポイズンアップル」というコードネームの反物質小惑星を用いて地球を壊滅させる計画を企てる。
