「神のみぞ知るセカイ II」において、「攻略の神」として知られる桂木桂馬は、様々な女性の心に根を下ろした逃亡霊を退治する使命を遂行し続ける。悪魔エルシアとの契約により、桂馬は2Dキャラクターを好む自身の嗜好とは裏腹に、リアルな少女たちとの絆を築くことで、これらの幻と戦うために、恋愛シミュレーションゲームに関する深い専門知識を頼りにしている。しかし、桂馬の旅は数々の障害に満ちている。空手の達人や代役の教師に憑依した霊と対峙し、さらに地獄からエルシアの親友が現れる事態にも直面する。それぞれの遭遇は彼の知略を限界まで試すものであり、彼を油断させることさえある。2Dの世界を好む桂馬だが、現実世界の複雑な機微を乗り越え、異色の恋愛活動を引き続き行わなければならない。