軽微な罪で濡れ衣を着せられ、ジョリー・クウジョーは悪名高いグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所に不当に投獄される。父・ジョタロウの大胆で正義感に満ちた精神を受け継ぎ、不当な拘束を受け入れない彼女は、自らの投獄を招いた陰謀の解明に乗り出す。遠く離れた父親からの贈り物により、ジョリーはスタンド能力「ストーン・フリー」に目覚める。この能力は、体の一部を糸に変える力を授ける。この能力を駆使して刑務内の危険を乗り越え、エメレス・コステロや「フー・ファイターズ」と呼ばれる存在など、真実を求める旅を助ける仲間を集める。これらの勇敢な女性たちと連帯し、ジョリーは囚人たちの間で暴力を煽り、特に自分自身を標的にする敵対的なスタンド「ホワイトスネイク」の脅威を暴こうとする。ジョースター家の血を引く者として、ジョリーは家族の永続的な敵と対峙する。彼女と仲間たちは、壊滅的な企てを阻止し、高まる邪悪さを打ち破るために時間との戦いを繰り広げる。

本作では

大胆な脱獄計画の後、Jolyne Kuujou は独房に収容されるが、その正体不明のスタンド使いが持つ Whitesnake の邪悪な仕組みを解明し続ける。 Green Dolphin Street Prison の司祭かつ看守である Enrico Pucci が、Whitesnake の黒幕であることが明らかになる。Joestar 一族の過去の敵と深い関わりを持つ Pucci は、Jolyne とその父 Jotaro に対する復讐を深く抱えている。亡き盟友の遺産に導かれ、彼は刑務所内および囚人たちの間で自らの悪意ある計画を推進するために事件を仕掛ける。 Ermes Costello や Foo Fighters などの味方と共に、Jolyne は様々なスタンド使いと戦う。Pucci の企みが刑務所を超えて世界全体に広がり、地球の安定を脅かす中、Jolyne は Joestar の血筋に依拠し、差し迫る破滅を食い止めるためにすべてを賭ける。