いじめに耐え、オンラインゲームに逃避先を見出す中学生の春雪・有田は、人気生徒会副会長であり、お気に入りのゲームでトッププレイヤーである黒雪姫によって、リーダーボードの1位を宣言されたことで、その世界を根底から揺さぶられる。生徒会室に招かれた春雪は、黒雪姫から脳機能を増幅し、時間が止まったかのような仮想戦場を生成するプログラム「ブレイン・バースト」を紹介される。この領域では、プレイヤーは戦闘を通じて加速ポイントを蓄積するが、ポイントがすべて失われるとシステムからの永久削除という結果を招く。黒雪姫は、春雪にプログラムの創始者を探し、その真意を解き明かすよう依頼する。彼らの使命には、様々な派閥を率いる強力なリーダーである「純色の六王」への対峙と、レベル10への昇進が含まれる。いじめっ子たちを止めるための黒雪姫の介入の後、春雪は彼女の申し出を受け入れ、Accel World の頂点へと向けた二人の共有された旅路を始める。

本作では

匿名のアバターが梅里中学校のローカルネットワークを乗っ取り、生徒たちを閉じ込めて衣服や所持品を奪う。他の学校でも同様の事件が起きていることを知った黒雪姫は、七つの大軍団の一つであるネガ・ネビュラスの残りのメンバーとともに、春雪・有田に調査を依頼する。春雪には2週間後に必須の体力再検査が控えていた。これを不合格にすれば、ネガ・ネビュラスとの今後の領土戦への参加ができなくなる。軍団が「シルバー・クロウ」を失わないよう、千百合・倉島は独断で春雪の体力回復を支援することを決める。