『To LOVE Ru Darkness 2』において、感情なき暗殺者ゴールデンダークネスは、変容した自身の存在の秘密を探る。一方、悪意あるネメシスは妹のメアを密かに操っている。最近発見された母ティルジュと共に、かつては分断されていたこの家族は、今や広範な注目を集めている。同時に、モモ姫のハーレム計画は障害に直面し、リトは長年秘めてきた感情を、自身の感情を芽生えさせ始めたハルナに告白しようと苦闘している。しかし、一見穏やかな下で、リトとそのハーレムが共有する愛、幸福、絆を覆い隠す暗い力が迫っている。この迫りくる闇に対抗できるのは、愛の力だけかもしれない。