あらすじ
ロックマン エグゼの物語の続き
20XX 年、小学 5 年生になった少年ネット・ヒカリは、自分専用のカスタム・ネットナビ、ロックマン.EXE を贈られる。小柄な体格と、非常に責任感の強い性格を持つロックマン.EXE とネットは、すぐに最高の仲間となる。ネットナビは、そのオペレーターをパーソナル・ターミナル（略称：PET）の内部から導くために設計されている。子供から大人までが、互いのナビを戦わせて実力を競う、友好的な「ネットバトル」を楽しんでいる。
本作では
MegaMan NT Warrior: Axess において、Netto の父であるYuuichirou Hikari は「シンクロチップ」の作成という画期的な科学成果を収める。このチップにより、オペレーターと NetNavi が「クロスフュージョン」と呼ばれるプロセスを通じて、特定の場所である「ディメンショナルエリア」内でのみ、物理世界で融合することが可能となる。Yuuichirou の最初の被験者であるMisaki Gorou がこの手順を受けるが、失敗に終わる。Netto はRockman とともに参加を申し出るが、その父は極めて危険であるとしてこれを拒否する。クロスフュージョンのプロセスはオペレーターの身体に甚大な負担を強いるものであり、物理的な戦闘を行うことは死を招く恐れがある。
