関東の主要校間の激しい対立の中で、京極と聖徳学園を率いるMoutoku SousouとGentoku Ryuubiが、内なる龍の力を覚醒させる。この勢力のバランスは、中国で伝説の龍の玉を入手したShimei Ryomouによって崩れ去る。この玉は龍の使い手に莫大な力を授けると信じられている。Shimeiは、不安定な力が地域に重大な脅威をもたらす可能性のある、最大のライバルである南陽学園のリーダー、Hakufu Sonsakuを守ることを目指す。一方、Moutokuは新たな力に苦しみ、魔王の魂が彼を支配し、地域を不安定にし、彼自身に最も近い者さえも傷つける可能性のある野望へと彼を駆り立てる。龍の玉による緊張が高まる中、HakufuとGentokuは対立を棚上げし、Moutokuの悪意ある計画を阻止するために力を合わせる。

本作では

「Ikkitousen: Xtreme Xecutor」の出来事直後、南陽学院の生徒たちは京都への修学旅行に出発する。到着早々、彼らは他の関東の学校から来たライバルの同級生たちと遭遇し、京都在住の最強の戦士たちと対峙することになる。そこで繰り広げられるのは、大規模な戦闘である。この戦いで京都そのものが無事であるよう、ただ願うしかない。