夜間コミュニティ関係課という、夜間に現れる不可視のオカルト現象を扱う特別チームに配属された宮城新太は、新宿区役所で働いていることに気づく。そこで、同僚の姫塚透と佐々木京一と出会う。初夜、新太は最初の任務を与えられ、かつて自分がフィクションだと思っていた超自然的存在が実際に存在すること、そして彼らの異世界の言葉を理解できる唯一の存在であることを知り、驚愕する。さらに、天狗に遭遇し、平安時代の伝説的な退魔師である安倍晴明として名乗られた際には、その驚きは深まる。この歴史上の人物に詳しくない新太はその称号を否定し、チームと共に働き、独自の能力を使って事件を解決していく。次第にオカルト存在が彼を安倍晴明として認識するようになり、その評判は高まり、自身の出自への好奇心も強まっていく。退魔師との関連があるという情報を得た新太は、出会った存在に関する謎を解明することにますます決意を固める。しかし、超自然事件の処理が危険であることを知り、彼の特殊能力が予期せぬ複雑な事態を招き始めていることに気づく。