あらすじ
Zi 星の荒涼とした砂漠で、青年のヴァンは廃墟となった施設を発見し、そこで謎のロボット型生物「オーガノイド」が封じられたポッドを見つける。ヴァンはそのオーガノイドにゼケと名付けるが、すぐにその生物を奪おうとするギャングの一味に追われることになる。彼らが操る戦闘用マシン「ゾイド」は、動物を模した機械的な造形をしている。自衛のため、ヴァンは古代のゾイド「シールドライガー」を起動し、一体化する。 ゼケと共に施設に戻ったヴァンは、もう一つのポッドを見つけ、新たなオーガノイドを期待する。しかし、ポッドが開くと、過去の記憶を失った少女フィオナが現れる。彼女には「ゾイド・イヴ」と呼ばれる何かを見つける必要があるという知識だけが残っていた。自らの出自を解明しようと決意したフィオナは、ヴァンとゼケの旅に同行し、ゾイド・イヴを探し求める。道中、彼らは味方と敵に遭遇し、危険な状況に身を投じながらも、軽やかで心温まる瞬間を共有していく。
