三十年前、巨大な「空間震」と呼ばれる不可解な空間異常がユーラシア大陸を壊滅させ、1億5千万人以上の命を奪った。その後、これらの災害は世界中で小規模に発生しているが、脅威は依然として残っている。五河士道は妹の琴里と暮らす普通の高校生だ。天狗市に空間震が迫った時、士道は琴里を守ろうと駆け出すが、噴出に飲み込まれてしまう。震源地で、彼は「精霊」と呼ばれる神秘的な少女に出会う。その存在がこれらの震動を引き起こす超自然的な存在だ。士道はすぐに、この少女と精霊を殲滅する残忍な組織「対精霊部隊」との戦いに巻き込まれる。しかし、精霊の保護を主張する第三勢力「ラタトスク」が現れる。士道が驚いたことに、そのグループは彼自身の妹が指揮している。対決の後、琴里は士道に彼らの使命に参加するよう強要し、精霊の脅威を無力化する奇妙な作戦を明かす。それは精霊たちに彼を恋愛させることだ。世界の未来は今や、士道が精霊たちの心を掴めるかどうかにかかっている。