1998 年 11 月、三瓶市中心部の newly built 小川アパートで二重殺人事件が発生する。犯人は東城 巴、パニック状態のまま現場から逃走する。奇妙なことに、警察は彼を追跡する関心を示さず、メディアもこの犯罪を報道しなかった。ある襲撃者から東城を救うために介入した両儀 志貴は、東城を自分の家に泊める。数日後、東城は自分が母親を殺したと確信していたにもかかわらず、母親が生きているという衝撃的な事実を知る。
同時に、黒桐 幹也は同僚の蒼崎 青子の指示に基づき、小川アパートでの奇妙な殺人事件の捜査を開始する。事件の詳細を掘り下げるにつれ、黒桐は特に東城に興味を持つ。東城に関するさらなる調査は、不気味な小川アパートの背後にある恐ろしい現実を明らかにする。
『空の境界』映画シリーズの第 5 作である『矛盾螺旋』は、 recurring themes とキャラクターを織り交ぜ、複雑なミステリーを構築し、暗く知的な刺激を与える物語を紡ぐ。