人類は幾世代にもわたり、巨人と呼ばれる巨大で謎めいた存在による絶え間ない脅威に耐えてきた。唯一の避難所は、マリアの壁、ローゼの壁、シーナの壁という三つの巨大な障壁の背後にあり、百年以上にわたって安全を提供してきた。その平穏は、超大型巨人と鎧の巨人がマリアの壁を突破したことで打ち砕かれ、人々はローゼの壁の背後へと逃れることを余儀なくされた。今、彼らは最後の拠点を壊滅させるかもしれない次の攻撃に備えている。
進撃の巨人第2期では、エレン・イェーガーと第104期訓練兵団の仲間たちが正式に調査兵団に加わり、再び巨人に立ち向かう準備を整える。しかし、ローゼの壁が攻撃を受けたことで彼らの任務は突如として頓挫し、物事は単純ではないことが証明される。調査兵団が壁を守るために奔走する中、襲来する巨人の本質と、彼ら自身の内部に潜む隠された真実に関する新たな謎が浮かび上がる。