美しき繁栄を誇る大日本に、国を滅ぼすほどの重篤な危機が迫っていた。これを守るのが、謎の守護者「マスターサムライ」である。若き侍・柳生宗明は生徒会から招かれ、徳川将軍が運営する武王学園へと赴く。ここは武士の子供たちを育て、国を治める者を養成する機関だ。学園は生徒会長・徳川吉彦と、宗明の幼馴染であるその妹・千によって率いられている。宗明が学園に到着した瞬間、激しい戦闘が勃発する。混沌の最中、空を奇妙な白い光が包み込み、柳生十兵衛という奇妙な少女が現れる。彼女は宗明に予期せぬキスをし、二人を護る隠された力を覚醒させる。十兵衛の正体と出自の謎は未だ解明されていない。宗明は国の運命と、大日本を壊滅させるかもしれない迫りくる災厄に巻き込まれていく。祖国を守るため、マスターサムライの秘密と、十兵衛のキスによって解き放たれた力を解き明かさねばならない。