犯罪率の上昇に対応するため、日本は武装探偵「ブテイ」を育成し、専門的な法執行者として任務に就かせるためのエリート校、東京ブテイ高校を設立した。寡黙で物言いが鋭い2年生の東条京二は、かつて強硬な突撃部隊に所属していたが、現在はそれを離れ、強力だが不器用な特殊能力を隠すため、物流に携わり静かな日々を送っている。しかし、その平穏な生活は、悪名高いブテイキラーによって破壊される。混乱の最中、京二は気品があり、高ランクのブテイの天才であるアリア・ホームズ・カンザキと出会う。彼女は京二を救い、彼の隠れた才能を見抜いてパートナーになるよう強く迫る。