『Blast of Tempest』において、高校生である吉野滝川は、親友の不破真尋の妹である不破愛花との秘密の関係を維持していた。愛花が謎の状況の中で突然亡くなると、真尋は復讐への渇望に駆られ、行方不明となる。一ヶ月間、吉野は真尋からの連絡もなく日常を過ごす中、謎の少女に銃を向けられて窮地に陥る。その直後、真尋が現れて吉野を救う。吉野は真尋が、愛花の死の真相を解明するために、魔女の櫛引羽風を頼っていると知る。しかし、櫛引は一族内の対立により無人島へ追放されていた。彼女の兄である櫛引左門は、櫛引の警告を無視して、世界への差し迫った脅威を無視し、エグゾダスの樹の力を利用しようとしていた。櫛引に連絡が取れない中、吉野と真尋は世界を救う旅に出るが、同時に愛花の死にまつわる謎の層を徐々に剥きにしていく。