「戦国妖狐」において、侍になることを夢見る青年・Hyoudou Shinsukeの人生は、隠者・Jinka Yamatoと魔法の狐娘・Tama Youkoが群盗を瞬く間に退治したことで一変する。Tamaは能力を持つkatawaraであり、特別な儀式を通じてその力をJinkaに譲渡できる。二人は土地を巡り、悪徳な人間や超自然的な存在を退治する義賊として活動する。 Hyoudou Shinsukeがこの隠された世界をさらに探る中で、僧侶たちが霊的な能力を持つ人々に対して非倫理的な実験を行い、怪物と戦うための人間とkatawaraのハイブリッドを創造しようとしていることを知る。これらの実験から少女・Shakuyakuを救出した後、彼女は他の仲間たちと共に、それぞれの目的を果たすために旅立つことを決意する。

本作では

仁花ヤマトと夜禅の衝突の後、異界の住人、人間、そして魔法使いの間に存在していた脆い均衡は崩れ去る。夜禅に属し異界の住人を狩る僧侶たちからなる「団壊衆」の崩壊の噂が広まり、暴走する異界の住人たちの派閥が形成されて人間との対立が激化する。己の能力を疑い、憂いを酒で流すことしかできない兵藤信助は、かつての敵であり体内に千の異界の住人を宿す千夜と頻繁に酒を酌み交わしていた。しかし、千夜の近接に怒りを覚えた暴走する在地の神が、月子の父を襲って殺害するという災厄が訪れる。喪失の痛みに耐えつつも、月子は千夜に恨みを持たず、兵藤の弟子となることを決意する。兵藤は彼女に剣を教えることを拒むが、旅に同行させることを渋々認める。一方、天下を壊滅に導く恐れのある九尾の狐・仁花を追って、玉妖狐は動き出す。