1983 年の夏、前原圭一は静かな村・雛見沢へ転校し、すぐに同級生の龍宮レナ、園崎魅音、北条沙都子、古手梨花と親しい絆を結ぶ。しかし、彼らの日常の裏には恐ろしい秘密が潜んでいた。毎年行われる祭りの近づきとともに、圭一は祭りに関連する村の不気味な伝承を突き止める。数年間にわたる謎の死と失踪の連続が、祭りと村の守り神・おやしろ様と密接に関係していることを知ることになる。これらの事件について友人たちに尋ねても、彼らは曖昧な返答をするのみ。不可解で奇妙な出来事が激化する中、圭一はかつて信頼していた者たちへの信頼を失っていく。高まる疑念と混乱に駆られ、圭一は『ひぐらしのなく頃に』の謎めいた出来事へと踏み込んでいく。この物語は、複数のナラティブ・アークを通じて展開される。