『未来日記』において、天野雪輝は日常のあらゆる出来事を携帯電話のデジタル日記に記録する、物静かな中学生である。学校で孤立している彼は、しばしば想像上の友達である時空の神デウス・エクス・マキナとその助手ムルムルと会話する。ある日、雪輝は自分の携帯が未来の出来事を予測し始めることに気づく。最初は偶然だと思ったが、予測が正確であることにすぐに気づく。この力を利用し始めた彼は、同級生の我妻由乃も同様の装置を持っていることを発見する。二人は協力して謎の追跡者をかわし、家に帰る。そこでデウス・エクス・マキナは、彼らを含む十数名が、勝者がデウス・エクス・マキナの後継者となる殺人ゲームの参加者であることを明かす。他に選択肢のない雪輝と由乃は、未来日記を頼りに生き残り、過酷な競争に打ち勝たねばならない。