両親を亡くした後、アスラン・ジェイド・カレンリース、通称アッシュ・リンクスは、悪名高いマフィアのボス、ディノ・ゴルツィンによって育てられた。現在17歳で自らの犯罪組織の頭目となったアッシュは、イラク戦争で亡くなる直前、兄グリフィンが繰り返し囁いた「バナナ・フィッシュ」という言葉に突き動かされ、危険な調査に乗り出す。しかし、その調査はディノの手下たちが地下ナイトクラブにあるアッシュの秘密基地を襲撃したことで突如中断される。混乱の中、アッシュは友人のスキップのつてで、ストリートギャングを取材中の日本人フォトジャーナリスト、イベ・シュンイチとオクムラ・エイジに出会う。ショーター・ウォンからの警告にもかかわらず、ディノの勢力はスキップとエイジを捕らえる。地下世界の暗い過去と向き合うしかないアッシュは、拉致された記者たちを救出し、謎の「バナナ・フィッシュ」の秘密を暴くための作戦を開始する。