La narración comienza con un enfrentamiento entre dos héroes opuestos, ZET y ALPHAS, antes de adentrarse en sus historias pasadas: Jin Kanzaki, un joven que posee el poder de convertirse en la entidad sobrehumana llamada ZET, y Kouga Amagi, un joven impulsado por un poderoso sentido de la justicia que utiliza la tecnología para luchar como ALPHAS. Los destinos de estos dos individuos y las personas conectadas a ellos se entrelazan mientras luchan por proteger a la humanidad y eliminar horrores monstruosos conocidos como Players.
