En 2035, una instalación de investigación en Japón desencadena un evento llamado "The Burst", generando la "Matter" —una sustancia que se expande, consume y replica a sí misma sin fin. Serpenteando entre las ruinas de presas y estructuras militares en Kurobe Gorge, esta Matter hostil es atacada por fuerzas especiales que buscan bloquear su camino hacia el océano y por mercenarios que buscan la verdad oculta detrás de ella.
Aiko Tachibana, rescatada de la Matter, vive bajo constante vigilancia médica. Pasa sus días doblando aviones de papel mientras espera recuperarse. Pero su tranquila vida escolar se ve interrumpida cuando el estudiante transferido Yuuya Kanzaki llega y señala inconsistencias en su condición. ¿Por qué nunca resulta herida? ¿Por qué ya no necesita su silla de ruedas? Él insiste en que ella es más de lo que le han dicho, y que ella sola tiene la respuesta para acabar con The Burst.
Ahora perseguidos por múltiples facciones, Aiko y Yuuya deben reunir aliados y adentrarse en la garganta infestada antes de que la red se cierre sobre ellos. Para escapar de la conspiración que se aproxima, deben enfrentarse a la Matter —un enemigo que fluye como el agua.
